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圣卡塔琳娜州人口约七万，战争爆发后，一部分当地白人居民因为恐惧华人独立军，选择离开圣卡塔琳娜州，前往后方巴拉那州，交战近一个月，留在当地的巴西人不到四万人，其他人口不是离开便是进了华人独立军的战俘营地。
相比较占领南里奥格兰州，进军圣卡塔琳娜州华人独立军损失更大一些，至沿伊瓜苏以北推进的部队遇到巴西驻军，华人独立军总伤亡人数达到2600人，其中进攻当地巴西军队伤亡两千人，其余600人则是在小规模冲突中被当地巴西人袭击伤亡的士兵人数。
华人独立军在南里奥格兰州强制驱逐当地居民的做法引起圣卡塔琳娜州巴西人的恐慌和愤怒，为了保护自己的土地和财产，大量巴西青壮组成小股武装袭击华人独立军分散部队，迫使华人独立军不得不派出大量部队维持占领区治安。
送别刘朴等参加谈判的一队人，李明远把精力投入了到清理当地反叛势力的围剿行动中。
经历过围剿南里奥格兰州游击势力的经验，面对圣卡塔琳娜州的抵抗份子，李明远有了明确的目标性和针对性。
首先抵抗势力的领导者主要是当地的大地主阶级，华人独立军开进圣卡塔琳娜州，利益受损最为严重的就是他们，而参与战斗的则是底层白人和无地印第安人，他们受到当地大地主的雇佣和华人独立军对抗。
对于敢于反抗的当地地主，没什么好说的消灭他们，把他们的土地财产全部剥夺，至于没油水的底层巴西人，李明远已经想好对付他们的方法，拉一批打一批，
主动举报揭发叛乱武装的赦免他们对他们的处罚并且奖励土地财富，而那些选择和华人独立军对抗到底的巴西人则彻底消灭，震慑占领区的普通居民。
一手大棒一手萝卜，在先后消灭几股势力较大的反叛势力之后，李明远停止恶意驱逐当地居民的政策，然后向留下来的巴西人保证，检举揭发身边的叛乱份子，你们的土地财富不仅可以保全，还能够得到华人独立军的奖励。
新的政策修改过后，当地居民虽然没有大规模举报叛乱份子，不过圣卡塔琳娜州的治安环境却改善许多，当地居民的土地财富得到保证，又活生生看到一批批叛乱份子被执行枪决定，大部分人不敢冒着生命危险帮助叛乱份子，而随着时间的推移，失去当地居民支持的叛乱份子日子越来越难过，一个个叛乱势力被紧密围剿的部分包围剿灭，一些心怀二意的叛乱份子主动向华人独立军投诚，指引围剿部队找到叛乱份子的藏身之地，然后将他们一网打尽。
持续二十多天的围剿行动随着最后一批叛乱势力投降宣告结束，遭受动乱和担惊受怕的当地居民逐渐恢复正常生活。
二十多天的治安作战总共剿灭俘获2000余人与叛乱有关的当地巴西人，2000多人之中直接参与叛乱的巴西人占据一半，剩下的则是为叛乱份子提供帮助的当地居民。
抓住叛乱份子，再像在南里奥格兰州那样直接投入集中营进行劳动行不通，因为巴西通过英国人传过消息，抗议华人独立军镇压普通居民，受制于巴西和英国人的压力，李明远选择一定程度妥协，不将叛乱份子等同于战俘，不过作为参与叛乱的惩罚，他们的土地全部没收，并且会被强制送出圣卡塔琳娜州。
两千叛乱份子被驱逐出境，原本居住在圣卡塔琳娜州的人口再一次减少，印第安人和少量黑人奴隶被扫荡一空，只剩下不到三万白人和印第安白人混血儿留了下来，圣卡塔琳娜州的人口下降到一个极低的水准。
强制驱逐当地居民招致控制区域内巴西人的反抗和巴西帝国的强烈抗议，但是对于李明远而言，这些代价都是值得的，只有驱逐大部分当地人，华人才能占据大多数，华人独立军的统治根基才能稳固。
纷纷繁繁的治安作战结束，刘朴为代表的谈判团队也从巴西归来，带来了谈判达成和消息。
谈判不是一帆风顺，五方代表针对一个个协议内容讨价还价，历时半个月终于达成一个让各方勉强接受的协议，其中关系到华人独立军方面的协议一共八条，分别如下：
1巴西帝国同意南里奥格兰州和圣卡塔琳娜州归华人独立军所有，伊瓜苏格以南区时由华人独立军控制，主权问题暂时搁置，其余控制地区交还巴西帝国，两方在前线划定边境线。
2南里奥格兰州和圣卡塔琳娜州合并为南里奥格兰公国，南里奥格兰公国加入巴西帝国，为巴西帝国不可分割的神圣领土，同时巴西帝国不干涉南里奥格兰公国内政，允许南里奥格兰公国自治。
3释放历次作战中被俘的巴西士兵，限期一个月内完成。
4停止驱逐当地白人，由白人自己决定是否离开，如果当地白人选择离开，华人独立军需要按照土地财产支付不低于五成财产折算价值的赔偿。
5巴西帝国解除对华人的封锁，华人独立军可以从巴西购买需要的商品物资。
6华人独立军承诺不与巴拉圭、秘鲁、玻利维亚缔结对抗巴西的军事条约。